Cikal bakal Hidayatullah Parepare sejatinya bermula jauh sebelum tahun 1995 sebagai tahun resmi berdirinya. Salah satu tokoh perintisnya adalah KH. Abdurrahman Muhammad yang saat ini Pemimpin Umum Hidayatullah. Saat ini kampus Hidayatullah Parepare berlokasi di Jalan Sakinah, Kelurahan Bumi Harapan, Kecamatan Bacukiki Barat, Kota Parepare, Provinsi Sulawesi Selatan. Parepare spesial karena sejarah perintisan Hidayatullah lekat sekali dengan Kota Cinta Habibie Ainun ini, di kota inilah Abdullah Said dan Abdurrahman muda membangun mimpi itu.
Dalam upaya melahirkan kader penyuluh dakwah Islam, Pondok Pesantren Parepare menguatkan aspek pendidikan dengan memberi materi keilmuan kepada santri yang meliputi pendalaman Al Qur’an, Tahfidz Al Qur’an, Kajian Hadist, Kajian Fiqih, dan Bahasa Arab.
Metode pembelajaran yang diterapkan pada Pesantren Yayasan Pesantren Hidayatullah Parepare amat menekankan pada aspek adab serta sikap yang tercermin pada sosok Rasulullah dimana Al Qur’an dan As Sunnah menjadi landasan dalam berfikir, berdzikir, serta tidak terlepas dalam aktifitas dan kreatifitas islami.
Keberadaan Pesantren Hidayatullah Parepare telah dirasakan kemanfaatannya ditengah masyarakat. Saat ini santri yang mukim (mondok) sebanyak 200 anak dimana keseluruhannya adalah putra dan putri yang berasal dari berbagai daerah di Sulawesi seperti kota Parepare, Pinrang, Polmas, Palopo, dan daerah kabupaten lainnya di Sulawesi Selatan dan Tenggara.
Adapun sumber pembiayaan kegiatan sehari hari yayasan sampai saat ini berasal dari swadaya dan sumbangan sukarela masyarakat di Parepare dan sekitarnya. Sampai saat ini pondok pesantren belum memiliki bentuk usaha yang produktif ataupun bantuan dari instansi pemerintah untuk pembiayaan mandiri dalam segala kegiatan Untuk memenuhi perannya secara optimal dalam mewujudkan fungsinya sebagai lembaga dakwah, Sosial, dan pendidikan.
Dengan segela keadaan dan keterbasan tersebut, Yayasan Pondok Pesantren Hidayatullah Parepare terus berupaya mengembangkan kegiatan untuk mewujudkan jatidiri sebagai wadah lembaga Islami agar mampu berfungsi secara efektif sebagai lembaga pusat dakwah Islam, pendidikan dan pelayanan umat.
Saat ini entitas yayasan tengah persiapan penggarapan lahan seluas sekitar 20.000 M2 yang masih dalam Tahap perencanaan Pembangunan. Lahan ini di kemudian hari hari nanti menjadi pusat dakwah dan pendidikan Pondok Pesantren Hidayatullah Parepare.
